Sbenny.com доверяют 
Игра начинается в древнем Египте, когда принц Атем крадется из дворца, чтобы увидеть своих друзей, Джоно и Теана, на дуэльных площадках. Находясь там, они становятся свидетелями церемонии, проводимой магами, которая темнее церемоний, которые они обычно проводят. После церемонии Атем сражается с одним из священников по имени Сето и побеждает его.
Когда Атем возвращается во дворец, его быстро отправляет спать Саймон Муран, его наставник и советник. Когда Симон уходит, охранник сообщает ему, что первосвященник Хэйшин вторгся во дворец, используя странную магию. Муран ищет Хейшина. Когда Муран находит его, Хейшин говорит Мурану, что он нашел Темную Силу, а затем использует Жезл Тысячелетия, чтобы взорвать Муран. Когда Хейшин находит Атема, он угрожает убить египетского короля и королеву, если он не передаст «Головоломку тысячелетия». Муран появляется позади Хэйшена и говорит Атему разбить загадку. Атем подчиняется, и Муран запечатывает себя и Атема в загадке, чтобы ждать, пока кто-нибудь соберет ее.
1Пять тысячелетий спустя Юги Мото собирает головоломку. Он говорит с Атемом в загадке, и Атем дает Юги шесть пустых карточек. Не зная, для чего они, он несет их на дуэльный турнир. После того, как он побеждает одного из дуэлянтов, одна из карт заполняется предметом тысячелетия. Понимая, для чего нужны карты, Юги завершает турнир и наполняет все шесть карт предметами тысячелетия. Это позволяет Атему вернуться в свое время.
Однажды в свое время Муран рассказывает Атему о том, что произошло с тех пор, как он был запечатан. Хейшин и маги взяли под контроль королевство с предметами тысячелетия, и что единственный способ освободить королевство - это восстановить предметы у охраняющих их магов. После этого Муран умирает.
После того, как он догоняет Джоно и Теану, он идет в разрушенный дворец и обыскивает его. Он находит Сето, который дает ему карту с указанием местоположения магов и предметов тысячелетия, и просит его победить магов.
После того, как Атем восстанавливает все предметы Тысячелетия, кроме одного, Сето ведет его к Хейшину, который держит Жезл Тысячелетия. Атем побеждает Хейшина, но обнаруживает, что у Сето есть Жезл Тысячелетия, и он просто хотел использовать Атема, чтобы собрать предметы в одном месте. Атем сражается с Сету за предметы и побеждает его, но после поединка Хэйшин берет предметы и использует их для вызова Темной Ночи. В надежде использовать DarkNite для уничтожения своих врагов, DarkNite вместо этого превращает Хейшина в карту. Heishin теперь превратился в игральную карту, DarkNite теперь издевается над Heishin перед тем, как сжечь карту. После того, как Атем показывает, что у него есть Предметы Тысячелетия, DarkNite бросает ему вызов на дуэль. Атем побеждает его, и он превращается в Нитемаре, который снова бросает вызов Атему. Атем снова побеждает его, и Нитемаре неохотно возвращается туда, откуда он пришел. Атем тогда сможет занять трон и привести свой народ к миру.
